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1944年10月、約100人の地元住民の山林、桑畑、田畑が軍に買い上げられ、道路、続いて飯場が建設された。
11月、地下壕工事が本格的に始まると、岩盤を砕くために使われたダイナマイトの爆破音が昼夜を問わず、松代一帯にとどろくようになった（発破（はっぱ））。ニワトリは卵を産まなくなり、人や家畜の眠りは妨げられた。爆破によって吹き飛ばされた岩が屋根に降ってきたり、その振動で壁にひびが入った家もあった。
翌1945年4月、舞鶴山周辺の西条村（にしじょうむら；当時）の住民は、住んでいる家からの立ち退きを強いられた 注。工事の目的も告げられず、急な立ち退きを迫られた住民は、親戚、知人を頼って村内外へ移住した。立ち退き地区に田畑を持つ者は、その入り口の「衛門」で門鑑（通行するための証明書）を見せなければ、耕作にも入ることができなかった。
注：1945年3月、東京大空襲などによって、天皇の東京からの避難が現実の課題として浮上するにあたり、松代大本営工事の重点は、政府の中枢機関を入れるイ地区（象山地下壕）から、天皇と皇后のための御座所と地下壕を建設するロ地区（舞鶴山地下壕）へと変わった。この天皇の御座所建設を隠すため、周辺の住民は強制立ち退きさせられることになった。
地元住民は、また、勤労報国隊として、工事での資材運びやトロッコ押しといった作業に従事させられた。そして、清野と西条の国民学校３、４年以上の児童も、上空の米軍機から工事が見つからないように、地下壕の掘削によって出た岩くずの上に、木の葉や枝を覆い被せるカモフラージュ作業をさせられた。
